背景: 金黄色葡萄球菌是最常从囊性纤维化患者的呼吸道分泌物中培养的细菌。既甲氧西林敏感的 金黄色葡萄球菌和耐甲氧西林 金黄色葡萄球菌(MRSA)能适应形成被称为未常规临床实验室鉴定的小集落变体生长缓慢，抗生素抗性菌株。
实验目的: 我们的目的是确定囊性纤维化患儿中金黄色葡萄球菌小菌落及其亚型的患病率和临床意义 。
实验方法: 小菌落变种 金黄色葡萄球菌(SCVSA)研究是对美国五个囊性纤维化中心的6至16岁儿童进行的为期2年的纵向研究，采用对小菌落变异敏感的培养方法。如果儿童在入院前12个月内有确诊为囊性纤维化的证据，并且至少进行两次囊性纤维化门诊就诊和两次呼吸道培养，则符合资格。参与者每季度参加一次诊所访问，在该次访问中采集呼吸道样本并测量肺功能(在1秒内预计的强制呼气量的百分比[FEV 1记录和呼吸恶化的频率)。我们确定了小菌落变体及其亚型的患病率，并使用线性混合效应和广义估计方程逻辑回归模型评估了它们与肺功能和呼吸道恶化的独立关联。分析包括针对潜在混杂因素(包括年龄，性别，种族，基线微生物学，CFTR调节剂治疗和CTFR基因型)进行校正的单变量模型(未经调整)和多元模型。
实验结果: 在2014年7月1日至2015年5月26日期间，我们招收了230名儿童。对参与者进行了为期2年的随访，每名参与者平均进行6·4次访视(SD 1·14)(范围2–9次)，两次访视之间的平均间隔为3·94个月(SD 1·77)。在2年的时间里， 有64名(28%)参与者检测到金黄色葡萄球菌小菌落变体。在这些参与者中检测到的大多数(185个中的103个[56%])是胸苷依赖性的。具有小殖民地变体的儿童在基线时的预测FEV 1的平均百分比显着低于 没有小殖民地变体的儿童(85·5 [SD 19] vs92·4 [SD 18·6];p = 0·0145)。小殖民地变体与预测FEV 1的百分比明显降低有关 在回归模型的整个研究中，既包括单变量分析(回归系数-7·07，95%CI -12·20至-1·95; p = 0·0068)，也包括针对潜在混杂因素进行调整的多元分析(−5· 50，-10·51至-0·48; p = 0·0316)。在多变量回归模型中，胸腺嘧啶依赖性亚型的小菌落变异与肺功能的关联最强(回归系数-10·49，−17·25至-3·73; p = 0·0024)。与无小殖民地变体的儿童相比，有小殖民地变体的儿童在单因素分析中呼吸急性加重的几率显着增加(赔率比1·73，95%CI 1·19至2·52; p = 0·0045)。 铜绿假单胞菌的培养状态和预测FEV 1的基线百分比 (2·17，1·33-3·57; p = 0·0021)，而那些非胸腺嘧啶依赖性小菌落变体则没有。在包括小菌落变体和MRSA状态在内的多变量模型中， 铜绿假单胞菌与肺功能并不独立相关(回归系数−4·77，95%CI -10·36至0·83; p = 0·10)，并且与加重几率降低(0·54、0·36至0·81; p = 0·0028)。只有小菌落变体形式的MRSA与肺功能降低(−8·44，-16·15至-0·72; p = 0·0318)和加重发作的机率有关(2·15、1·24至3·71; p = 0·0061)。
结论: 在多中心小儿囊性纤维化中，小菌落变种，特别是胸苷依赖性小菌落变种的感染很普遍，并且与肺功能降低和呼吸道恶化的风险增加有关。临床实验室应考虑采用小菌落变体鉴定和亚型化方法，并将小菌落变体患病率数据纳入囊性纤维化登记处，以进行持续的监测和研究。
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